En accostant sur l'île , un événement fâcheux allait arriver aux Espagnols , un de leurs trois bateaux fit naufrage près du mole Saint-Nicolas. En débarquant dans le Marien , le Cacique , Guanagaric leur accueillait chaleureusement . Les Espagnoles arrivaient à communiquer avec les Indiens grâce à une jeune qu'ils ont rencontrés sur leurs chemins . Colomb utilisait les débris de la Pinta pour construire un fort. Avec l'aide de Guacanagaric ,Colomb réussit à trouver quelques Indiens consentants de l'accompagner en Espagne afin de prouver ses exploits au Roi Ferdinand et à la reine Isabella . Puisse que un de leurs trois bateaux fut détruit tous les Espagnols étaient incapables de retourner en Espagne. Colomb a donc decidé de laisser 39 Espagnols dans le nouveau monde. Les Espagnols laissés , habitaient le fort construit avec les restes de la << Pinta >> , le Fort de la << Nativité >>. Colomb repartit pour l'Espagne.A son retour dans le Marien, avec mille cinq colons espagnols, Colomb chercha vainement le Fort de la Nativité, il approuva une grande tristesse en apprenant de son fidèle hôte ,Guacanagaric , l'incident subvenu lors de son absence. Colomb revint à Saint-Domingue avec le titre de vice roi du nouveau monde, en terme plus clair cela veut dire l'administrateur en chef de l'île. Les Espagnols qui accompagnaient Colomb ne pensaient pas comme lui , car la cupidité leur envahissait . Bientôt tous les Indiens du Marien sont mis dans l'esclavage.
Les Indiens étaient obligés de travailler dans les mines d'or au grand profit des Espagnols et à leur détriment car ,ils n'étaient pas accoutumés avec ce genre de travail. La plupart d'entr'eux mouraient de chagrin et de fatigue.
Caonabo vit les injustices commises par les Espagnols , pour s'argumenter , fit alliance avec le Cacique du Maragua, Guarionex. Les deux hommes réunissaient plus de deux cent milles guerriers et attaquèrent Nueva Isabella , ville fondée par Betholomé, frère de Christophe colomb. Colomb était forcé de supprimer cette opposition farouche venant de la part du Caonabo et Guarionex . Pour commencer son projet , il envoya deux cent fantassins et vingt cavaliers Espagnols conquérir le Maragua. La rencontre entre la petite armée Espagnole, se fit dans la ville de Real vega . Las, moins de deux cent fantassins et vingt Cavaliers Espagnols , ont massacrés plus de deux cent mille guerriers. Colomb passa ensuite à la deuxième phase de son proget , l'arrestation de Caonabo. Un jeune Soldat , Ojeda , fit charger de réaliser ce projet embitieux. Pour arrêter Caonabo, Ojeda va utiliser la ruse puisque la force ne suffisait pas . Les espagnols ont invités Caonabo de venir à Isabelle pour signer la paix, ce dernier était méfiant au debut , finira par accepter . Caonabo se rendit , sans hésiter à Isabella , à peine arrivé , il fut arrêté . Les Espagnols ont décidé de l'envoyer pour l'Espagne pour y être jugé pour trahison , il mourra en mer , lorsque le bateau qui lui transportait fit naufrage. Mais les Indiens n'étaient pas au bout de leur sort, car Colomb allait être destituer de ses fonctions par Bodilla . Ce dernier dirigea la colonie pendant deux ans et il fut assassiné.
Le successeur de Bobadilla fut Nicolas Ovando , un jeune soldat intrépide. En arrivant à Saint Domingue il ordonna de suprimer toute résistance possible et d'augmenter la tâche des esclavages indiens. De plus, il était plus cruel envers les esclaves Indiens .